下沉式博物馆主体的屋顶是一片池水。
恢复的部分号舍
“这是一部即将开启的、尘封已久的历史档案，就仿佛打开一幅即将开启的金陵画卷，把历朝历代的科举制度发展史以及史料，当作一个空间的史书叠加在一起。当我们打开这个档案库，搜寻历史线索，将使得这段已经被人淡忘的历史重新被人发现。”中国科举博物馆项目设计者、西安建筑科技大学建筑学院教授刘克成昨天现场介绍了科举博物馆的设计理念，他告诉记者，在中国科举博物馆项目设计过程中，主要遵循了保护文化遗产、恢复历史记忆、改善城市空间、振兴文化产业等四个原则，该项目设计采取了整体城市设计的理念，从时间轴线上体现了历史-现状-未来的整体概念。
砚池水中映衬明远楼
虽然科举博物馆一期的牌坊、明远楼等主要建筑已经完全显露，但入口处现在仍处于封闭阶段。一位工作人员介绍说，由于科举博物馆所处的特殊位置，整个博物馆不可能建成高楼，所以一期除了地上部分，主要为地下四层、局部五层为主要结构，即将开放的展区将主要位于地下一层。
从围挡步入，眼前的景象令众人情不自禁低叹一声，下沉式博物馆主体的屋顶是一片池水，就仿佛静静的砚台一样，而在池水的映衬中，修葺一新的明远楼更显风姿。
明远楼彩绘也进行了恢复
明远楼原为江南贡院的中心，也是贡院最高的一座建筑。登临四望，秦淮风月，历历在目。“明远”二字取自《大学》中“慎终追远，明德归厚”之意。科考期间，监临、骆试、巡查等官员昼夜登楼查望，“白天摇旗示警，夜间举灯求援”，以防考生骚乱、作弊。
明远楼本身是一个三层高的木质建筑，科举博物馆建筑采取下沉和下挖的策略，一方面可以打通南北主轴线，另一方面可以反衬明远楼的高耸，表示对历史文化的敬意。扬子晚报记者采访中了解到，明远楼始建于明嘉靖十三年，虽距今已有480年历史，但仍保存完好，它是中国保留的最古老的一座贡院考场建筑，是省级文保单位。在博物馆建设中，中国科举博物馆项目的设计者、西安建筑科技大学建筑学院教授刘克成也尽最大可能恢复其历史原貌，对建筑本体予以保护和彰显的同时，还对明远楼彩绘进行了恢复。
二期展望：主要修缮飞虹桥
自2012年12月12日科举博物馆奠基仪式后，按照规划，科举博物馆及其配套项目东至平江府路，南至贡院街，西至金陵西路，北至建康路，总占地面积约6.63公顷，总规划建筑面积约20万平方米。
项目计划分两期实施，一期工程为明远楼以南、以西部分，占地2.75公顷，规划建筑面积9.2万平方米，主要是修缮保护部分号舍和明远楼等遗存，建设科举博物馆主体和必要的配套设施。中国科举博物馆二期工程则将为明远楼以北、以东部分，占地3.88公顷，主要是修缮飞虹桥，打通江南贡院历史轴线，以及进一步建设文化旅游配套设施。
飞虹桥宽6米，长约15米，用巨石筑成。两侧的桥栏护板之上，以高浮雕的手法，铭刻出象征“一路连科”、“青云直上”的吉祥纹饰。此桥虽经历了500余年的风风雨雨，但至今仍保存完好。飞虹桥在科举时代有着非常重要的作用，它是江南贡院内、外帘的分界点。为防止外帘官员（监考官员）与内帘官员（阅卷官员）相互勾结舞弊，贡院立有严格规定，考试期间任何人员不得逾越“飞虹桥”半步。
背景介绍：古代最大科举考场
位于南京城东南隅的江南贡院，东接桃叶渡，南抵秦淮河，西邻状元境，北对建康路，为古之“风水宝地”。据《南窗纪谈》所载：建康（南京）贡院始建于南宋孝宗乾道四年（1168年），起初为县、府学考试场所，占地不大。公元1368年，明太祖朱元璋定都南京后，集乡试、会试于南京举行。明成祖永乐十九年（1421年），朱棣迁都于北京，但贡院仍留作乡试考场。
因江南地区人文荟萃，原有考场便越来越显得狭小。永乐皇帝便没收犯臣纪纲的府邸，又取怀来卫指挥陈彬家人陈通，忠勇伯家人侯清等人的房舍以及府尹黄公永元祠、秦桧之子禧祠等改建“江南贡院”。后经明、清两代的不断扩建，至清同治年间，江南贡院已形成一座拥有考试号舍20644间，占地达30多万平方米的中国最大科举考场。仅清一代经过江南乡试后考中状元者58名，占全国状元总数的一半以上。唐伯虎、郑板桥、吴敬梓、吴承恩、方苞、袁枚、林则徐、邓廷桢、曾国藩、左宗棠、李鸿章、陈独秀等历史名人，均为江南贡院的考官或考生。
江南贡院至今仍保存有23块江苏省级重点文物保护单位“贡院碑刻”；明代建筑明远楼、飞虹桥等一批珍贵历史文物。未来这里还将打造成为中国科举制度的研究中心，中国科举文物的保护和展示中心。
