坂茂出名是非常精于木 / 竹 结构的,所以他一开始设计时便已经考虑到木材的接合。他在四周采用了 1m 厚木梁作为结构的外框,然后把大约 200mm 厚的木梁以三个方向纵横交错起来,从而做出弯弯曲曲的形状。每个方向的木梁都是由两层的木板组成,所以在每个交接点是由 6层的木板互相紧扣,因而令整个屋顶都变得稳固,而且只需 4支木柱便足够支撑整个 5000sqm 的空间。
虽然每个接合点是有 6层木梁组合而成的,但是由于整齐地排列,所以在外观上整个屋顶还是很简洁明亮。另外,屋顶的物料是 PTFE 的关系,所以在白天时,整座博物馆的外馆有如白色的草帽一样,但当在晚上在室内亮灯后,结构的倒影便出现在白色的屋顶上,尽显了窝峰式木结构的特点。因此,旅客可以在室外、室内,白天、晚上不同时间以不同的感觉来欣赏这结构,这样的设计绝对精妙。
至于室内空间则由 3个长方盒纵横交错组成,每个长方盒则是永久性的展览空间,在长方盒之下则是剧场、咖啡厅和临时展览空间。因为永久性的展品需要良好的温度和湿度的控制,所以展览空间全为密封,这便与行人空间和咖啡厅形成很大的对比,从而创造出不同的视觉感受。